W przypadku występowania specyficznej nietolerancji pokarmowej, bądź istnienia określonych stanów chorobowych, stosowanie danego suplementu powinno być zawsze poprzedzone konsultacją lekarską.
Niektóre z suplementów mogą być przeciwwskazane np. przy chorobach układu krążenia, jak np. preparaty o działaniu termogenicznym (kofeina, synefryna, tyrozyna). Związki te, zalecane w szczególności w programach redukcji masy ciała, wpływają na pobudzenie pracy układu nerwowego, co wiąże się ze wzrostem akcji serca i podwyższeniem ciśnienia krwi. W przypadku osób chorujących na serce lub nadciśnienie, nieodpowiednie stosowanie tego typu środków może wywołać niebezpieczne komplikacje w układzie sercowo-naczyniowym. Substancje termogeniczne przeciwwskazane są także dla osób chorujących na depresje oraz cierpiących na inne zaburzenia ze strony układu nerwowego.
Należy pamiętać, że przeciwskazania mogą istnieć także do suplementów, które z pozoru uznawane są za prozdrowotne, jak np. preparaty błonnikowe. Suplementy diety zawierające włókna pokarmowe posiadają właściwości pęczniejące, w efekcie czego mogą działać drażniąco na błony śluzowe przewodu pokarmowego a także wzmagać wydzielanie soków trawiennych. Z tego tytułu nie są one zalecane m.in. w chorobie wrzodowej żołądka i dwunastnicy a także zapaleniu jelita grubego. Błonnik pokarmowy może przyczyniać się do potęgowania uszkodzeń błony śluzowej, nadmiernej lub nieprawidłowej fermentacji, upośledzenia wchłaniania wody i elektrolitów, co w efekcie może skutkować nasileniem reakcji bólowych, biegunkami, zaparciami, wzdęciami, niedoborami pokarmowymi, wysuszeniem. Preparaty błonnikowe mogą być także przeciwwskazane przy innych schorzeniach przewodu pokarmowego. Ponadto osoby z wywiadem alergii na skorupiaki nie powinny przyjmować kapsułek zawierających chitosan.
Osobną uwagę należy także skupić na kobietach w ciąży. W tym szczególnym okresie życia kobiety przyjmowanie jakichkolwiek suplementów diety powinno odbywać się zawsze pod ścisłą kontrolą lekarską. W poszczególnych trymestrach ciąży zmienia się zapotrzebowanie ustroju na różne składniki pokarmowe, a także dochodzi do licznych zaburzeń w stanie zdrowia. Nadmiar niektórych witamin lub minerałów, a także przyjmowanie innych preparatów może odbić się nie tylko na zdrowiu matki, ale również dziecka. Ta sama ostrożność w przyjmowaniu suplementów diety zalecana jest w okresie karmienia piersią.
